布鲁克timsTOF Pro离子淌度质谱仪

布鲁克timsTOF Pro离子淌度质谱仪采用了专有捕获离子迁移谱(TIMS)技术,基于平行累积连续碎裂(Parallel Accumulation Serial Fragmentation,PASEF),能实现更高速度、更高灵敏、更强大的鸟枪法蛋白质组学分析,具有更出色的单次肽段和蛋白质鉴定性能。它非常适合于研究细胞生物学和临床中经常遇到的小细胞群体和低样品量的蛋白质组学问题。 在本中心,timsTOF Pro主要应用于蛋白质组领域,主要包括一下几方面: (1)蛋白质测序:样品含量较高或纯度较高时,可能得到蛋白质的准确序列,同时可用于辅助 判断不稳定蛋白的氨基酸断开位置。 (2)蛋白质定性分析:检测未知蛋白或得到与已知蛋白相互作用的未知蛋白。 (3)蛋白质定量分析:采用标记手段或非标记手段,鉴定某组织或细胞的全蛋白组及差异蛋白 表达。 (4)蛋白质翻译后修饰位点分析:目前可分析磷酸化修饰,泛素化修饰,乙酰化修饰,SUMO化修 饰。

更深、更快的蛋白质组学研究

基于质谱的蛋白质组学已经成为同时鉴定和定量成千上万种蛋白的功能强大的技术。然而受到当前质谱仪器扫描速度、灵敏度以及分辨率的限制,要实现蛋白质组的全覆盖还面临着巨大挑战。

timsTOF Pro创新性地引入平行累积连续碎裂(PASEF)技术,从而带来超快扫描速度和超高灵敏度使得仅需很少的样本,就能达到全新的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学鉴定深度。

在鸟枪法蛋白质组学分析中实现将近100% 离子利用率(Duty cycle)

独特的双TIMS技术,使得在进行超高灵敏度和超快扫描速度的“鸟枪法”蛋白质组学研究时能达到将近100%离子利用率。新颖的设计使得离子在第一个淌度分析器中进行累积,与此同时在第二个淌度分析器中的离子根据淌度分批释放。这项技术被称为平行累积连续碎裂(PASEF)技术。

PASEF技术:完美匹配鸟枪法蛋白质组学研究

创新性的PASEF技术使得离子在淌度分析器中的累积、淌度分离和四级杆隔离能同步进行。因此基于PASEF技术的timsTOF Pro质谱在大于100Hz的扫描速度的情况下,依然不损失灵敏度和分辨率。

卓越耐用性,无需清洗

在进行大队列的蛋白组学研究时,质谱需要连续分析大量样本,大部分质谱信号在很短时间就会有明显下降,因此一般2周或者一个月需要清洗一次。timsTOF Pro有着卓越的稳定耐用性,仪器能够24小时不间断连续运行数天或数周而没有明显的灵敏度和其它性能下降。

深度挖掘4D数据: MaxQuant/Perseus和PEAKS Studio进行数据处理

该平台使用开放的数据格式使得研究人员能直接使用原始数据并使用行业领先的软件进行分析。MaxQuant支持分析四维特征数据即包含保留时间(retention time)、离子淌度(mobility)、质荷比(m/z)和离子强度(intensity)信息,这将大大提高肽段、蛋白质及其翻译后修饰的鉴定的深度和定量的可靠性。PEAKS Studio则结合了从头测序鉴定和传统的数据库检索,软件也为更好地分析timsTOF数据进行了一系列优化。