上海有机所在中科院组织的国际评估中,研究所总体状态被评价为“First-tier in the world”(国际一流),五个重点发展领域被评价为“Leader in field”(国际领先)和“Domestically highest level”(国内最好水平);超高分子量聚乙烯的催化剂技术、大品种抗生素菌种的基因改造技术及绿色新农药创制等方面的科技成果转化取得重大突破。在基础研究方面,在英国《自然》杂志发布的2016全球自然指数(Nature Index)中,上海有机所连续四年位列中科院所属研究所第二名,继续保持在相关研究领域的引领作用。